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L'IGAS a été chargée d'une mission d'évaluation des Cellules interrégionales d'épidémiologie (CIRE) et de proposition d'évolution. Il s'agissait d'évaluer le dispositif actuel, co-piloté par l'Institut de Veille sanitaire (InVS) et les agences régionales de santé (ARS), ses forces et faiblesses, notamment au regard du positionnement des CIRE vis-à-vis des ARS et de leurs missions, et de faire des propositions de réorganisation.